基金委根据学科组成与特点，在各学科组建一定数量的会议评审专家库。每年从会议评审专家库（也可根据工作需要，特邀个别专家）中选取规定人数（不同学科领域有所差异，少则13人，多则20人）的评审专家，组成当年度的会议评审专家组，对项目申请进行会议评审。
基金委在会议评审前，向评审专家提供评审所需要的项目申请书、通讯评审意见等材料，介绍专家会议评审的基本流程、规定和要求，特别是要明确相应领域申请数量、审议项目（上会）数量和拟资助项目额度。评审专家会在此基础上，进行广泛的集体讨论，客观公正地提出评审意见，对申请项目进行无记名投票以决定是否予以资助。
会评专家组的学科覆盖面很广，而专家人数有限，每个专业方向上仅有少数专家。这种评审方式就是俗称的“大同行”评审，其特点是多数专家对申请项目的具体研究内容等细节并不很熟悉。同时，由于会议时间有限，申请项目数量大，专家组对每项申请的平均讨论时间可能短至若干分钟。因此，他们主要根据通讯评审意见、主审专家（专业相对接近的会评专家）的介绍、申请项目的题目、摘要等信息做出判断。在此情形下，申请书的题目、摘要就显得尤为重要。
根据上述各部分的分析可见，常规的基金同行评议分为通讯评审和会议评审。这两级评审形式不同，但专家都会从科学价值、创新性、社会影响以及研究方案的可行性等方面进行判断和评价，并提出评审意见。此外，他们还会考虑申请人和参与者的研究经历，研究队伍构成、研究基础和相关的研究条件，项目申请经费使用计划的合理性等方面。从程序上看，会议评审最终决定项目资助与否，然而，由于会议评审时间短促，而且是在通讯评审结果的基础上进行讨论和表决的，因此，通讯评审的“小同行”意见，反而显得更加关键。
申请国家自然科学基金时，要顺利通过各阶段评审，最基本的要求是申请书的格式必须严格遵照基金委的规定。在此基础上，结合评审各阶段的特点和评审专家提出的问题，在申请书各部分内容的撰写中，需注意以下几个方面，以进一步提高申请项目的竞争力。
在撰写立论依据时，要明确提出拟开展研究的创新科学问题，并论证科学问题的充分性。
一个基金项目必须围绕明确的创新科学问题，这在同行评议专家的评审要点中是最重要的评价依据。如果通讯评议专家在申请书中看不到创新科学问题，就很难撰写正面的评价意见。在这方面，实际评审中得到较差评价的申请书，往往仅仅是对拟开展研究的领域进行一般性的综述。基金项目要研究的科学问题，通常应当是申请人着手写申请之前就已经关注和思考。申请书中的国内外研究现状、科学意义和社会价值等内容，是为申请人关注的科学问题提供相应的支撑，使评审专家更加信服。这样，该科学问题就立论有据，且不与以往的研究构成简单的重复。
此外，选题的研究意义和价值，也是同行专家评审的重要考虑因素。申请者应站在较高的理论高度，具体地阐述开展本项研究对科学进步的贡献，如，项目的选题可能会开辟新的研究领域，或是深化对本领域重要科学问题的认识。另一方面，还应分析对社会的可能回报。在写作中要打破“我是专门从事这方面研究的，当然应该资助我把工作做下去”的思维定式。
为解决特定的科学问题，申请书中需要提出一套完整研究思路，从而向评审专家表明，申请人对开展研究工作已有较深入的思考。拟研究的科学问题可能有若干种类型，例如：
（1）全新的科学发现，属于同行以前没有注意到的现象或观测材料；
（2）同行公认的科学问题，已有较多的研究和探讨，申请人拟从独到的研究视角开展工作，以图深化对该科学问题的研究；
（3）对过去已有研究工作提出质疑，或是开辟更优化的研究方式。
对不同类型的科学问题，应分别设计一套有一定技巧的研究构思和适用的工作模型和验证方法，并需要提供相应的分析和论证。
考虑到参与评审的“小同行”专家很可能也在开展同领域的研究工作，对当前的研究现状非常了解，申请书中所设计的研究内容必须是站在以往研究的基础上，而非完全从头开始，以避免与他人工作简单重复。
基金项目经费和执行期限都有限，需要制定明确、有限的科学目标。申请书中科学目标应有所限定，根据所设立的研究目标，本次研究能达到什么样的研究程度。考虑到许多同行可能在做类似的研究工作，对于大部分的选题，一个基金项目通常只是将研究工作推进一步，而不是将其完全解决。因此，务必在研究内容中能具体表达自己在研究思路上的独到之处，以体现申请的项目如何推进本领域研究进展。因此，仅把“系统研究”“全面总结”“集成研究”等作为研究特色，很难得到同行专家的认可。
申请书中这部分内容主要是向同行专家展示申请者开展研究工作能力并取得进展的把握。现代科学多数为实验科学，实验方案的设计尤为重要。面对小同行锐利目光的审阅，需要尽量提供涉及项目工作进展的技术细节，以确保专家认同项目的可行性。例如，所需要的基础数据、资料和样品能否顺利获取？根据研究内容中的工作模型和研究思路，需要使用哪些行之有效的技术手段和方法与之匹配？拟使用的仪器设备的性能，能否够满足研究工作的要求？如要开展相关的模拟实验，实验条件和流程怎样设置和控制？关键的仪器设备或实验条件能否落实？这些都可能是同行专家希望了解或要审核的内容。从实际评审工作看，越是专业接近的“小同行”，对这部分内容越加挑剔。
此部分内容主要在于展示申请人及项目组成员在相关领域有基本的工作经验和科研训练，掌握了相关的知识和技能，在所从事的科学研究工作中有成功的经历，如解决过某些科学和应用问题，发表过相关的学术成果等。撰写这部分内容的重要原则是客观和实事求是。多数同行对申请人的情况比较了解，如果提供与事实不符的材料（如发表文章、已有的项目资助及获得奖项等存在不实信息）以试图提升项目组水平，反而会成为整个申请的致命缺陷，被同行专家以学风问题一票否决。
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